مخالفت با علم فلسفه در زمان حکیم قشقایی به قدری زیاد بود که جلال‌الدین همایی در این باره می‌نویسد:«مرحوم قشقایی فلسفه را در اصفهان از تهمت خلاف شرع و بدنامی کفر و الحاد نجات داد؛ سهل است که چندان به این علم رونق بخشید که فقها و متشرعان نیز آشکارا با میل و علاقه روی به درس فلسفه نهادند و آن را مایه فضل و مفاخرت می‌شمردند.» با این حال او درس و فحص را بر سروری ایل قشقایی برتری نهاد و همه عمر خود را در این راه سپرد. آنچه از پی می‌آید، مختصری است از سیر و سلوک فکری و روحانی این فرزانه، به بهانه روز بزرگداشت او در پنجشنبه گذشته.
جهانگیرخان قشقایی، حکیم و فقیه و عارف شیعه قرن سیزدهم در 1243 هجری قمری در روستای دهاقان از توابع شهرضا در اصفهان‌زاده شد. او از ایل قشقایی، طایفه دره شوری، تیره جانبازلو بود که تا چهل سالگی در میان ایل خویش می‌زیست و طبعاً سبک زندگی ایلی داشت. در دامداری، سوارکاری، تیراندازی و سفر مهارت فراوان و به موسیقی اشتیاق زیادی داشت. روزی برای فروش محصولات و خرید مایحتاج سالانه ایل و تعمیر تار خود به اصفهان رفت و با مشاهده مدرسه صدر مجذوب شکوه و معنویت آن شد.
شخصی که احتمالاً همای شیرازی (جدّ جلال‌الدین همایی) بود او را به کنایت از نواختن تار بر حذر داشت و به تهذیب نفس و تحصیل علم و معرفت دعوت کرد. جهانگیرخان تحت‌تأثیر سخنان هما قرار گرفت، ساز را کنار نهاد، زندگی در ایل را ترک گفت و حجره‌ای در مدرسه علمیه اصفهان گرفت و تحصیل علم و معرفت آغاز کرد.جلال همایی درباره تغییر احوال و زندگی خان قشقایی می‌نویسد:«جهانگیرخان به ترک وطن و سامان گفته از مراجعت به عشیره و مسکن و تکمیل موسیقی و مشق تار به‌کلّی منصرف شده یکسره همّت بر تحصیل علم و تهذیب اخلاق گماشت. مدتی مدید با قدم راسخ و جدّ و جهد کافی کار کرد تا به مرتبه جامعیت علوم عقلی و نقلی رسید و بزرگ‌ترین استاد مدرس فلسفه و کلام و فقه و اصول و حدیث گردید. اما عمده تخصص و اشتهارش در حکمت و فلسفه الهی بود. طب و طبیعیات را نیز خوب می‌دانست و خوب تدریس می‌کرد.»
یکی از اساتید حکیم قشقایی، مدرس و محقق بزرگ فلسفه، آقا محمدرضا قمشه‌ای، بود. محمدرضا صهبا قمشه‌ای از حکما و عرفای اصفهان بود که تدریس فلسفه را با نکات عرفانی همراه می‌کرد و در شاگردان و مستمعان، ذوق و شوری الهی برمی‌انگیخت. او در اواخر عمر در تهران اقامت گزید و به تدریس اسفار و مصباح‌الانس، فصوص الحکم و اشارات پرداخت. نقل کرده‌اند که حکیم قشقایی برای تکمیل فلسفه به تهران سفر کرد و با آقامحمدرضا قمشه‌ای ملاقات کرد. حکیم قمشه‌ای لباس علما را نمی‌پوشید و ساده و بی‌پیرایه در میان خلق ره می‌سپرد و گاهی به خرابه‌های اطراف تهران می‌رفت.
جهانگیرخان می‌گوید: حاجت خود بدو گفتم. گفت: میعاد من و تو فردا در خرابات؛ خرابات محلی بود خارج از تهران و در آنجا قهوه‌خانه‌ای بود که درویشی آن را اداره می‌کرد. روز بعد اسفار ملاصدرا را با خود بردم، او را در خلوتگاهی دیدم که بر حصیری نشسته بود. اسفار را گشودم ولی حکیم قمشه‌ای آن را از بر می‌خواند. سپس به تحقیق مطلب پرداخت و مرا چنان به وجد آورد که از خود بی‌خود شدم؛ می‌خواستم دیوانه شوم. حالت مرا دریافت و گفت: آری، قوت می بشکند ابریق را.از دیگر اساتید حکیم قشقایی، مرحوم حاج ملاحسینعلی تویسرکانی، فقیه و مجتهد اصولی صاحب فصل‌الخطاب در اصول فقه و رساله در رد بر اخباریه و کشف الاسرار در شرح شرایع، حاج شیخ محمدباقر نجفی، ملاحیدر صباغ لنجانی، میرزا محمدحسن نجفی، ملااسماعیل اصفهانی درب کوشکی در فلسفه و میرزا عبدالجواد حکیم در طب و طبیعیات، بودند.
اگرچه در زمانه جهانگیر خان فلسفه تدریس می‌شد ولی رواج کلاس‌ها و مباحث در مدرسه چندان سهل نبود، به‌طوری که گهگاه کلاس‌ها در خلوت شکل می‌گرفت. حکیم قشقایی می‌کوشید برگزاری درس و بحث فلسفی را همچنان در مدرسه علمیه برقرار بدارد و لذا در این راستا دشواری‌ها را نیز تحمل می‌کرد. پایداری و کوشش او برای برپاداری درس‌های فلسفه و عرفان نظری، به جریان و رشد فلسفه صدرایی و تربیت شاگردان برجسته این طریق بسیار کمک کرد، به‌ویژه آنکه او به فقه نیز عنایت ویژه داشت و بر تحصیل جدی همه این دانش‌ها برای سلوک طریق حقیقت تأکید می‌کرد. از این رو، بسیاری از مجتهدان و اهل فقه و اصول نیز با اشتیاق و طیب خاطر به حلقه درس او می‌پیوستند.در حوزه فلسفه آن روزگار، 2 گرایش فکری وجود داشت که گهگاه در تقابل بارز قرار می‌گرفتند؛ مخالفان فلسفه و موافقان فلسفه. میراث فکری موافقان فلسفه در قرون 12 و 13 هجری قمری، از آقامحمد بیدآبادی (متوفی 1197 یا 1198 ﻫ.ق) به میرزا ابوالقاسم مدرس خاتون آبادی (متوفی 1202 ﻫ. ق) و سپس آقاعلی نوری اصفهانی (متوفی 1246 ﻫ. ق) که بزرگ‌ترین مدرس فلسفه ملاصدرا در اصفهان بود رسید. آقا علی نوری شاگردان بزرگی پرورد که خود از مدّرسان و محققان کم‌نظیر فلسفه شدند، از جمله: ملااسماعیل اصفهانی واحدالعین صاحب حاشیه بر شوارق، ملامحمدجعفر لنگرودی شارح مشاعر ملاصدرا، میر سیدرضی لاریجانی استاد آقا محمدرضا قمشه‌ای اصفهانی (متوفی 1306 ﻫ. ق) و ملاعبدالله زنوزی و حاج ملاهادی سبزواری (متوفی 1289 ﻫ. ق).
در اوایل قرن سیزدهم، دو استاد بزرگ فلسفه صدرایی را که در مدرسه علمیه نیز حجره داشتند و درس و بحث فلسفی را رونق می‌بخشیدند می‌توان نام برد: آخوند ملا محمدکاشانی (متوفی 1332 ﻫ. ق) که علاوه بر فلسفه، در فقه و اصول و ادبیات و ریاضیات نیز مدرسی چیره‌دست بود و جهانگیرخان قشقایی. اهتمام این دو متفکر به فقه و اصول و حتی دیگر علوم، از سر تفنن، رسم و عادت یا مصلحت‌اندیشی در برابر مخالفان فلسفه نبود؛ ایشان سلوک فکری و عملی حقیقی را در پرتو همگی این دانش‌ها می‌دانستند و حذف و معارضه علم یا عالم رشته علمی دیگر را آسیب رساندن به سلوک حقیقی مسلمان شیعه می‌پنداشتند. در میان عوامل فکری و سیاسی گوناگون، فلسفه صدرالمتألهین موفق شده بود اجتماع و سازگاری علوم پیش‌گفته را در یک نظام واحد فلسفی فراهم آورد. نزد ایشان، شریعت و طریقت و حقیقت نمی‌توانست جدا از یکدیگر باشد بلکه این اساتید پیوندی ناگسستنی میان اینها می‌دیدند. به‌نظر آنها فقه و اصول فقه و اخلاق و عرفان و فلسفه مبتنی بر آموزه‌های متون دینی می‌توانست این انسجام را استوار بدارد.
نزد ایشان سخنی از رها کردن یا غیرضروری دانستن فقه و اخلاق در مراتب بالاتر سلوک فکری و معنوی نبود بلکه فقه و تهذیب نفس را تا والاترین درجات فکر فلسفی و مشاهدات عرفانی لازم می‌دانستند. بیهوده نبود که بر حضور اهل فلسفه در مدرسه‌های علمیه - با وجود برخی مواضع و دشواری‌ها - تأکید و اهتمام داشتند و دو استاد پیش گفته، آخوند ملا محمد کاشانی و جهانگیرخان قشقایی، در مدرسه علمیه حجره داشتند. جهانگیرخان عهد و راه خویش برای کسب و ترویج علم را در دشوارترین اوضاع و احوال نیز فرو ننهاد. از 1286 تا 1289 هجری قمری قحطی سختی اصفهان و برخی نواحی دیگر را فراگرفت. اقتصاد اصفهان آشفته و ناتوان شد، تاجران بزرگ یک به یک ورشکسته شدند و دکان‌ها را بستند، کشاورزان که مهم‌ترین تولید‌کنندگان بودند به نان شب نیازمند شدند، گرسنگی فراگیر شد و زاینده رود از آبیاری کشتزارها بازماند. دست‌اندازی‌های زمین‌خواران و احتکارگری برخی بازرگانان شدت گرفت و مهاجرت‌ها از شهر اصفهان فزونی نهاد. فقیرها و بی‌بضاعت‌ها از گرسنگی در کوچه‌ها و معابر جان می‌سپردند و اندوه و حرمان بر دیار سایه می‌افکند. هما - که در آن روز مذکور جهانگیرخان ایل نشین تارنواز را به کسب علم و معرفت و پارسایی دعوت کرده بود - در ایام قحطی جان سپرد و خان قشقایی را در سوگ نشاند. جهانگیر با آنکه می‌توانست به میان ایل خویش بازگردد و خان جمع خویش بشود، با پایداری در اصفهان ماند و چراغ معرفت را روشن نگاه داشت و جان طلاّب مشتاق باقیمانده را روشنایی بخشید.
از یادداشت‌ها و گفته‌های شاگردان جهانگیرخان برمی‌آید که این درس‌ها را از محضر او آموخته‌اند: فقه لمعه، درس اخلاق، شرح منظومه، فصوص‌الحکم ابن عربی، شفا و اشارات ابن سینا، اسفار ملاصدرا، نهج‌البلاغه، مکاسب و فرائد شیخ مرتضی انصاری و شرح کبیر. برخی نویسندگان به درس ریاضیات هم اشاره کرده‌اند. او حواشی‌ای نیز بر برخی از این کتاب‌ها نگاشته است.
جهانگیرخان قشقایی شاگردان بسیاری را تعلیم و پرورش داد. علم آموزان از دیارهای دور و نزدیک در محضر درس او حاضر می‌شدند. برخی از شاگردان او که خود از مراجع و مدرسان بزرگ شدند این بزرگوارانند: آیت‌الله العظمی سیدحسین بروجردی، آقا سید ابوالحسن اصفهانی، آقا ضیاءالدین اراکی عراقی، ملامحمدجواد آدینه‌چی، سیدمحمدعلی ابطحی سدهی، حاج آقا رحیم ارباب، میرزامهدی بیدآبادی اصفهانی، سیدمحمد داعی‌الاسلام لاریجانی، حسن وحید دستگردی و میرزا محمدعلی شاه‌آبادی استاد عرفان امام خمینی(ره). حکیم قشقایی لباس علما را نمی‌پوشید، هنگام نماز کلاه از سربرمی‌داشت و با شال کمر عمامه‌ای می‌ساخت و بر سر می‌نهاد. تا پایان عمر در حجره زیست و زن و فرزند اختیار نکرد. پارسا، خوش مشرب، متین و استوار بود و معیشت خود را از مال‌الاجاره زمینی که داشت می‌گذرانید. او در شب سیزدهم رمضان 1328 در اصفهان درگذشت. اشعاری نیز از این حکیم بزرگوار به جا مانده است. از جمله:
تا یاد چین زلف تو شد پای‌بست ما
رفت اختیار عقل و سلامت ز دست ما
از طرف نیستی چو کسی را خبر نشد
عشقت چگونه کرد حکایت ز هست ما
غمگین مشو گر از ستمش دل شکسته شد
کارزد بصد هزار درست این شکست ما
ازدشمنان ملامت و از دوستان جفا
بوده است سرنوشت ز روز الست ما
